Nouvelles techniques d'analyse de séquence des protéinesBUT DE LA FORMATION
Apprendre à extraire de la séquence d’une protéine toutes les informations possibles: motifs structuraux, organisation en domaines, homologues, résidus importants, structure 3D. Fini le traditionnel Blast - vous maîtriserez des logiciels de pointe, comme HHblits ou HHpred, beaucoup plus puissants, et tout aussi simples d’utilisation. Vous apprendrez aussi à utiliser les récents outils révolutionnaires de prédiction de structure 3D (Alphafold et ESMfold) ainsi que leurs limites. PROGRAMME
MÉTHODES PÉDAGOGIQUES
LES FORMATEURS
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Témoignages
Rozenn GARDAN
CR1 INRA Jouy en Josas (France) "J’ai aimé le côté ‘bioinformatique pour les nuls’, qui enlève le stress et les complexes" J’ai reçu des infos théoriques simples et clairement expliquées sur des points que j'avais plus ou moins oubliés ou jamais appris, concernant par exemple la structure des protéines, ou les banques de données. Et des infos pratiques sur des logiciels que je ne connaissais pas ou que j'utilisais de manière non optimale Ce que j’ai le plus aimé c’est le coté "bioinformatique pour les nuls" (absence de lignes de commande ou de jargon de bioinformaticien) qui enlève le stress et les complexes face à son ordinateur ou à ses collègues. Fini les blast avec le serveur du NCBI ! J’ai apprécié d’apprendre une méthodologie que je vais essayer d'appliquer à d'autres protéines ; même s'il n'y a pas de remède miracle. Je pense que j'ai rattrapé un peu de mon retard (fini les blast avec le serveur du NCBI !). Je pense aussi que les interactions avec ma cristallographe et mon bioinformaticien préférés seront plus fructueuses Je recommanderais cette formation sans hésiter car je la trouve adaptée aux expérimentalistes, qui ne peuvent plus se passer de la bioinfo. Merci ! 
Krittalak Chakrabandhu
Ingénieur de recherches Université de Nice "My colleagues thought bioinformatics should be 'easy enough', but you need a course to truly discover something " I hesitated to attend this course because often, when there are a lot of things going on, trainings are not on the top of the priority list. And because the tools are freely available online, it is sometimes assumed that one can just spend a bit of time between experiments 'playing' with the - that should be easy enough! Also, most people think the way they have been doing things, although not perfect, is still good enough. This attitude made it harder for me to convince my superior and colleagues that I should spend 5 days to get a proper training on the subject.... In the end, the course made it possible to discover something about our proteins and to understand them better, by providing us with much much more efficient ways to analyze protein sequences. I enjoyed every aspect: how to analyze protein features, 2D, 3D structures, and how to look for homologs. I also liked to have the chance to hear the experiences and points of view of experts. As a result, I better understand how much bioinformatics can facilitate our research, and have more confidence in protein sequence analysis. This is a very important course that, in my opinion, anyone who works with protein should have. It will help you understand your proteins better, design your experiments and probably lead to some discovery of new protein structures or functions, based on the vast amount of data already available. It will also help you evaluate the quality and credibility of published sequence analyses! |
Renaud Seigneuric
Maître de conférences Université de Bourgogne (France) "J’ai apprécié qu’il y ait évaluation de notre niveau avant la formation pour constituer un groupe homogène" Grâce à cette formation, j'ai pu acquérir des notions complexes, des savoir-faire que j'aurais mis beaucoup de temps à apprendre autrement (par exemple, cela fait plus d’un an que j'avais installé Jalview et commencé à le manipuler...) Ce que j’ai le plus aimé dans la formation, c’est l'ambiance décontractée propice aux questions et à l'apprentissage, avec un rythme soutenu mais varié, qui a permis d'aborder de nombreux points tout au long de la semaine sans saturer. Il y a beaucoup d’autres choses que j’ai appréciées ! Entre autres, le fait qu'il y ait une évaluation de notre niveau et des échanges par e-mail avant la formation, afin de constituer un groupe le plus homogène possible ; les recommandations qui nous ont été faites pour choisir des logiciels performants et conviviaux ; les références bibliographiques liées à la formation et à l’après-formation ; le fait de rencontrer d'autres personnes qui ont des préoccupations semblables. Je recommanderais cette formation pour sa qualité et son style original, grâce à un binôme complémentaire qui est très appréciable. 
Carla BLOT
Doctorante BIAM - CEA, Cadarache "Partir de zéro et identifier des indices quant à la fonction" La formation était tout à fait ce que j’attendais, avec un plan très pratique, allant de la séquence jusqu’à la structure 3D. J’ai mieux compris comment partir de zéro avec une protéine et identifier par sa séquence et structure des indices quant à sa fonction. J’ai beaucoup aimé le fait de répéter les choses, ça m’a permis de bien me souvenir des messages essentiels de la formation. Avancer pas à pas avec un regard critique sur toutes les méthodes d’analyses de séquences, pour les utiliser correctement, était très formateur. J'ai particulièrement apprécié le workflow pour l’analyse de séquences – depuis la formation, je l'ai déjà utilisé 2 fois sur de nouvelles séquences. J'ai aussi apprécié d'avoir une compréhension plus générale du rôle de certains éléments de structure simple (par ex. le coiled coil) et de leurs liens avec les propriétés des acides aminés. Je recommanderai la formation pour toutes ces raisons et aussi car les formateurs sont à l’écoute et sympas ! :-) 
Ismahene Mesbah
PhD student Aix-Marseille University "Before the course, I was afraid we'd focus too much on sequence at the expense of structure" I was afraid that the course would focus too much on sequence at the expense of structure. But I learned software for both: sequence visualization and analysis (e.g. Jalview); and structure prediction (e.g. ESMfold) or analysis (e.g. predicting the effect of a mutation on protein stability). I very much enjoyed the fact that the course was interactive and dynamic; the trainers, who are complementary, listened to us and coached us to find solutions to our problems. During the instruction period, they showed us concrete examples based on our own proteins (which they had analyzed beforehand), which helped understand the notions we learned. The last day, dedicated to the study of our own proteins, was very useful since we could benefit from the perspective of the trainers. I would recommend this course without hesitating because it is complete (theory + practice on our own proteins) and because it helps us get acquainted with state-of-the-art tools, while demonstrating their advantages and limitations. |